2071 год. Человечество колонизировало всю Солнечную Систему, основав колонии от Венеры до Юпитера. Но десятилетия тому назад из-за техногенной катастрофы была уничтожена Луна. Последствия оказались катастрофическими: непрерывные метеоритные дожди сделали жизнь на поверхности Земли невозможной, а в первые недели после катастрофы погибло 4,7 миллиарда человек. Большая часть выживших перебралась в колонии на другие планеты.
Со временем по всей Солнечной Системе разрослись и набрали силу преступные синдикаты, для борьбы с которыми правительство возродило древнюю практику охоты за головами. Отныне охотники за головами разъезжают по всей Солнечной Системе в поисках целей.
Спайк Шпигель [スパイク・スピーゲル] и Джет Блэк [ジェット・ブラック] — охотники. Волею судьбы они оказались на космическом корабле «Bebop 268710». Путешествуя вместе, они подбирают Фэй Валентайн [フェイ・バレンタイン] — очаровательную картёжницу с невероятно огромным долгом, Радикал Эдварда [エドワード・ウォン・ハウ・ペペル・チブルスキー4世] — компьютерного гения и генетически модифицированную собаку Эйн [アイン].
На борту «Bebop» судьба сводит четырёх человек и одну собаку, и так начинаются их совместные приключения...