«Ураганные хроники» продолжают историю о приключениях юного ниндзя Наруто Узумаки и его друзей. С начала серии проходит три года, герои взрослеют, набираются жизненного опыта и совершенствуют свои навыки.
Наруто возвращается в Деревню Скрытой Листвы, и команда, ранее состоящая из него, Саскэ [うちは サスケ] и Сакуры [春野 サクラ], переформировывается. Место Саскэ в ней занимает молодой ниндзя по имени Сай, и вместе они берут название «Команда Какаши».
Но безоблачная жизнь длится недолго. В Конохе вновь вспыхивают старые раздоры, оставшиеся после первых Хокагэ. Лидер Акацуки мечтает о мировом господстве, а в Деревне Песка всплывают старые тайны.
Вскоре весь мир ждут серьёзные испытания и сильнейшие потрясения.