В 2115 году страна, известная прежде как Япония, была разделена на два параллельных мира: Граница «С» (Стратос) и 17-й дальневосточный имперский административный район. Граница «С» — преступная вселенная, в которой каждый волен делать, что хочет, в то время как 17-й дальневосточный имперский административный район — тоталитарная вселенная, полностью лишенная свободы и постоянно находящаяся под наблюдением.
Однажды два эти мира начинают объединяться в один, и власти каждого из них кладут начало работе «Стратосу» — мировой организации, в которую отобраны группы из стрелков, наемников и других подготовленных людей из обеих вселенных. Участников каждой группы отправят в 2015 год, чтобы изменить прошлое, устранив противоборствующую сторону, когда параллельный мир только формируется.
История разворачивается вокруг объединений стрелков каждой вселенной, которые участвуют в операции «Стратос», в частности о группе, состоящей из четырех друзей детства — Тору Казасуми, Кёке Катагири, Кёме Катагири и Шизунэ Риндо — которые, чтобы выжить, должны преодолеть собственные разногласия во время сражения со своими альтернативными личностями.