Ангелы продолжают свои непрерывные атаки, а в «Nerv» приходят два новых пилота: пилот павшего в первом же бою [[Евангелиона-05]] Мари Илластриэс Макинами [真希波・マリ・イラストリアス] и пилот [[Евы-02]], а позже [[Евы-03]] Аска Лэнгли Сикинами [惣流・アスカ・ラングレー].
В то же время Гэндо Икари [碇 ゲンドウ] и «Seele» приступают к секретному проекту, в котором задействованы Рей [綾波 レイ] с Синдзи [碇 シンジ].